Библиотека Агинского дацана является третьим по величине хранилищем старых буддийских рукописей и ксилографов у нас в стране. Общее количество книг — порядка 35-40 тыс. единиц хранения. Книги находятся в томах, завернутых в традиционные шелковые или матерчатые обертки — жанчи. Таких томов-свертков в библиотеке насчитывается около 3,5 тыс.. Эта уникальная коллекция формировалась на протяжении почти ста лет, и основой её стали книги, уцелевшие после антирелигиозной кампании первой половины прошлого века. Значительная часть книг сохранилась благодаря самоотверженности верующих, отказавшихся участвовать в уничтожении своей религии в 30-е годы; и во все последующие годы бережно хранивших священные тексты, часто рискуя при этом своей безопасностью. В 90-х годах спасенные верующими книги стали возвращаться в дацан и вместе с многочисленными томами книг, оставшимися от старых лам, образовали нынешнюю коллекцию буддийской литературы, для которой в дацане еще в 80-е годы было построено отдельное здание библиотеки. Начиная с 2013 года в дацане ведется систематическая работа по приведению фонда библиотеки в порядок. Нынешний трехлетний проект направлен на то, чтобы библиотека дацана превратилась в действующий центр по изучению и сохранению буддийского письменного наследия.
Весной и осенью 2019 г. в рамках проекта будут организованы лекции ведущего специалиста в области книжной культуры бурят: профессора Базарова А.А., Улан-Удэ, и специалистов в области перевода буддийской литературы, Зорина А.В. и Крапивиной Р.Н., Санкт-Петербург. Летом 2019 планируется переоборудование и косметический ремонт книжных стеллажей, а в 2020 г. — пошив новых оберточных тканей жанчи для книг. И в заключительный год проекта, в 2021 г. будет издан каталог и переводы избранных сочинений великого просветителя бурятского народа, седьмого настоятеля Агинского дацана, Лубсан Доржи Данжинова, а также сочинения других авторов, писавших в жанре нравственных наставлений для верующих.
